網站優化設計并非只是搜索引擎優化，搜索引擎優化只是網站優化中的一部分。之所以很容易將網站優化等同于搜索引擎優化，馬可網站優化認為主要原因在于網站設計因素對搜索引擎優化狀況的影響非常明顯和直接，因此更容易引起重視。同時應注意的是，網站設計優化不僅僅是為了搜索引擎優化，其核心仍然是對用戶的優化，因此應堅持用戶導向而不是搜索引擎導向，這也是網站優化與搜索引擎優化基本思想的重要區別之處。
網站優化基本思想種之所以強調堅持以用戶為導向的原則，是因為網站的內容和服務是否有價值最終是由用戶來判斷的，即使網站在搜索引擎中的表現很好，如果用戶使用感覺很不方便，同樣不會產生理想的效果。而且，網站推廣也并非完全依賴搜索引擎，還需要綜合考慮各種相關因素。因此網站優化設計中三個層面的內容不能顧此失彼，應實現全面優化，尤其是對用戶的優化應放在首位。
在網站優化診斷分析方案首先都是出于對用戶獲取信息和服務的考慮，包括從內部獲取信息和外部（搜索引擎）的便利性等方面。實際上，用戶優化第一的原則與搜索引擎優化本質上是一致的，搜索引擎收錄網頁的排名規則也是從用戶獲取信息的習慣方面考慮，如果用戶獲取信息方便了，對于搜索引擎而言，也會將這樣的網頁視為高質量的網頁，從而獲得在搜索引擎中好的排名結果。